Những câu hỏi về việc định cư của người châu Mỹ đã làm nảy sinh một số giả thuyết. Nguồn gốc của thổ dân ngày nay vẫn còn là một chủ đề gây tranh cãi giữa các nhà khảo cổ học. Quan điểm truyền thống là con người vào kỷ băng hà gần đây nhất đã di cư từ Siberia sang châu Mỹ, hiện đang bị thách thức bởi những nhà khảo cổ học Nam Mỹ. Những giả thuyết nhằm giải thích cho những chứng cứ về việc tiếp xúc giữa những người châu Mỹ và châu Á, châu Phi hay châu Âu là chủ đề bị tranh cãi gay gắt. Những thí nghiệm như thí nghiệm Kon-Tiki và chuyến du hành Kantula cho thấy con người có thể đi về hướng tây theo dòng Humboldt từ Nam Mỹ đến Polynesia.

Giả thuyết Kỷ Băng hà Siberia

Các bằng chứng về gen và nhân chủng học cho thấy phần lớn những người thổ dân châu Mỹ có nguồn gốc từ những người di cư từ Bắc Á (Siberia), những người đã đến châu Mỹ theo eo biển Bering hoặc dọc theo đường bờ biển phía Tây Bắc Mỹ theo ít nhất ba dòng hải lưu. Cụ thể tại Brasil, phần lớn những bộ lạc thổ dân sống vào khoảng năm 1500 được xem như hậu duệ của dòng người di cư từ Siberia theo đường nối Beringia vào cuối kỉ băng hà gần đây nhất vào khoảng 13,000 đến 17,000 năm trước đây. Dòng người di cư đầu tiên có thể đã phải mất một thời gian mới tới được vùng ngày nay là Brasil, có lẽ đi theo lưu vực sông Amazon từ phía tây bắc. (Dòng người di cư thứ hai và thứ ba từ Siberia, được xem như là tiền bối của người Athabaskan, Aleut, Inuit, và Yupik, rõ ràng không đi xa quá phía nam nước Mỹ và Canada).[cần dẫn nguồn]

Phân tích DNA của thổ dân châu Mỹ cho thấy phần lớn dân số Nam Mỹ có những đặc điểm giống nhau và Y-chromosome. Tính đa dạng và phân bố của micro-satellite cụ thể cho Nam Mỹ cho thấy một phần dân số thổ dân châu Mỹ đã bị cô lập hóa từ lúc châu lục bị thuộc đía hóa.[4]

Giả thuyết Thổ dân châu Úc

Quan điểm truyền thống kể trên gần đây bị thách thức bởi việc khám phá ra những di chỉ xương người tại Nam Mỹ được cho rằng đã tồn tại từ lâu trước khi chuyện này xảy ra, thậm chí đến 20,000 năm. Một vài khám phá (nổi bật là bộ xương của Luzian tại Lagoa Santa, Minas Gerais, Brazil, phân tích bởi đại học São Paulo, giáo sư Walter Neves) được cho là có những đặc điểm khác biệt với phenotype của người châu Á và gần giống hơn với người Australian Aborigine. Những người này sau đó có` thể đã bị thay thế hoặc đồng hóa với dòng người di cư từ Siberia. Những người Fuegian tại Tierra del Fuego, phía cực nam của lục địa Nam Mỹ, có thể là những người sống sót của cùng của thế hệ Aboriginal.

Những người đầu tiên này có lẽ đã vượt đại dương bằng bè hoặc thuyền, hoặc di chuyển lên phía bắc dọc theo bãi biển của châu Á và đi đến châu Mỹ qua eo biển Bering, từ lâu trước những người Siberia. Giả thuyết này vẫn chưa được công nhận rộng rãi trong giới khoa học vì cách di chuyển như thế này rất là khó. Một vài giả thuyết khác là việc di cư xuống phía nam từ châu Úc, Tasmania, qua các đảo tại châu Nam Cực rồi xong đó đi dọc theo châu Nam cực và/hoặc các tảng băng để đến cực nam của Nam Mỹ, vào thởi điểm Last Glacial Maximum.

Không có bằng chứng gen hoặc ngôn ngữ nào có thể hỗ trợ cho giả thuyết này, bằng dù việc người aborigine sống tại phía các vùng biển phía đông châu Á có thể đã vượt qua Beringia trước dòng người di cư Siberia đầu tiên.